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株式会社セルイノベーターによる遺伝子発現解析手法とツールの紹介遺伝子発現のデータを含めた論文を投稿する際は、NCBI の GEO に登録されているデータは、自由にダウンロードして解析することができます。

DataSetsとは、NCBIによってcurationされたGEOデータのことだそうだ。 GEOのデータを使って、特定の条件での特定遺伝子の発現量を求める方法を何人かに聞かれたので、需要があるのかな?と思って、書いておく。 DataSetsを使いこなす. ncbi geoはncbiが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。今回はgeoの使い方第2弾として、geoに登録されている多くのマイクロアレイデータのなかから興味のある遺伝子のプロファイルを検索する方法、およびその実験データの正規化されたファイルの取得方法を紹介 … DataSetsとは、NCBIによってcurationされたGEOデータのことだそうだ。すると、登録されているDataSetsの一覧画面になる。ここで、自分の欲しい条件で検索する。とりあえず、Triple Negative Breast Cancerで検索してみたら、2件ヒットした。このうちのここで遺伝子の発現量を検索できるので、試しにESR1を検索してみる。2件ヒットしたようだ。1件目の方の、チャートの絵のところをクリックする。すると、triple negativeではほとんど発現していないが、non-triple negativeの一部では高発現でした、ということが分かった。実に簡単だ。簡単すぎる。もし、自分が考えている実験条件に近いものがDataSetsとして登録されていたら、実験をする必要はないかもしれない。事前検討を減らせるかもしれない。という具合に、研究室で「ちょっとPCに詳しい人」程度のBioInformaticianは失業の危機である。 ncbi の geo に登録する際の情報をまとめました。 geo登録の概要: 登録する際に準備するものなど。 geoにまつわる用語: デポジット、メタデータなど、聞きなれない用語。 記入が必要なファイル: テンプレートはアレイのメーカーごとに異なる。 NCBI GEO(Gene Expression Omnibus; 「ジオ」あるいは「ゲオ」と発音します)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOには、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが日々蓄積されており、その登録データ数は世界最大です。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索すること